在SciFinder中用结构式检索物质时，可根据实际需要选择精确结构、亚结构或相似结构进行检索。当选择精确结构检索时，获得的结果与绘制结构一致，同时包含绘制结构的同位素标记物、立体异构体、盐、混合物（组合物）等；选择亚结构检索时，获得的结果除包含精确结构检索的结果外，还包含任意开放位点具有非氢取代的物质（如果存在）；选择相似结构选择时，绘制结构可能会发生改变。
