Avec une prise de conscience accrue des virus à la suite de la pandémie de COVID-19, les informations concernant les épidémies de variole du singe dans le monde suscitent de nombreuses inquiétudes. La variole du singe est un virus qui est généralement présent et confiné à l'Afrique centrale et de l'Ouest. Dans le cas présent, elle s'est propagée de manière inhabituelle parmi des populations qui n'y étaient pas vulnérables dans le passé. On dénombre actuellement plus de 300 cas confirmés ou suspectés dans au moins 19 pays extérieurs à l'Afrique et bien d'autres cas font l'objet d'enquêtes. La Collection de contenus CAS™ offre des informations uniques sur la variole du singe, le paysage de la recherche, les options thérapeutiques et les profils scientifiques avec des virus similaires.
Qu'est-ce que la variole du singe ?
Le virus de la variole du singe appartient à la famille Poxviridae et au genre Orthopoxvirus. La Collection de contenus CAS présente la phylogénie du virus de la variole du singe. Elle appartient à la même famille qu'une maladie cutanée courante de l'enfance, le molluscum contagiosum, et au même genre que les virus comme le virus vaccinia (virus de la variole bovine) et le virus variola (virus de la variole). Elle est cependant sans lien avec le virus courant de la varicelle (Varicella). Elle a été identifiée pour la première fois en 1958 dans des colonies de singes de recherche qui ont développé une maladie similaire à la variole, le premier cas humain ayant été recensé en République démocratique du Congo (RDC) en 1970. Tous les cas ultérieurs en dehors des pays endémiques sont restés limités à des personnes ayant voyagé dans ces pays ou à des animaux infectés importés. La variole du singe est classée comme une maladie zoonotique dont la transmission s'effectue principalement d'animal à humain ou vice versa. Toutefois, l'épidémie actuelle est transmise d'humain à humain dans des pays non endémiques, ce qui surprend de nombreux chercheurs et ce qui a valu à cette maladie rare de faire les gros titres.
Vue du paysage de la science publiée au sujet de la variole du singe
En analysant la Collection de contenus CAS, la recherche de l'Orthopoxvirus a commencé à s'accélérer à la fin des années 1980 avec 30 000 articles de revues et brevets présents sous cette catégorie. Comme prévu, le volume de publications concernant la variole du singe est nettement moindre, avec environ 1 200 articles de revues et brevets. Les recherches ont légèrement augmenté au début des années 2000 et sont restées relativement stables de 2003 à 2021.
Tableau 1. Les 10 principales entreprises et instituts de recherches effectuant des recherches sur le virus de la variole du singe
| Entreprise ou institut de recherche | Nombre d'articles et de brevets |
| National Institutes of Health (USA) |
38 |
| Centers for Disease Control and Prevention | 35 |
| United States Army Medical Research Institute of Infectious Diseases | 26 |
| Saint Louis University | 14 |
| Institut Robert Koch | 9 |
| Oregon Health and Science University | 7 |
| Southern Illinois University | 7 |
| Chimerix Inc. | 6 |
| La Jolla Institute for Immunology | 6 |
| Utah State University | 6 |
Comment la variole du singe se transmet-elle ?
Le virus de la variole du singe est un virus à ADN bicaténaire (dsADN) avec une taille de génome d'environ 190 kb. Contrairement au SARS-CoV-2, qui est un virus à ARN monocaténaire avec une taille de génome de ≈30 kb. Comme nous ne le savons que trop bien, le SARS-CoV-2 est si petit qu'il peut être aérosolisé et parcourir plus de 1,80 m dans l'air. En revanche, le virus de la variole du singe est beaucoup plus grand, n'est pas aérosolisé et ne franchit que quelques dizaines de centimètres dans l'air avant de retomber. De même, le virus de la variole du singe ne s'attarde pas dans l'air comme le fait le virus du SARS-CoV-2. Pour une transmission d'humain à humain dans l'air, il faut un contact prolongé des visages l'un contre l'autre avec une personne infectée. Le virus peut aussi se propager par un contact direct avec des fluides corporels ou des lésions, ou par une exposition indirecte avec des tissus en contact avec la lésion, comme les vêtements ou les draps. La transmission animal-humain peut être provoquée par une blessure ou une griffure, la préparation de gibier et un contact direct ou indirect avec des fluides corporels ou des lésions. Le virus pénètre dans le corps à travers une plaie dans la peau, par les voies respiratoires ou les muqueuses. Autre contraste positif avec le virus SARS-CoV-2, le virus de la variole du singe mute à un rythme beaucoup plus lent, car il s'agit d'un virus à ADN d'une taille beaucoup plus grosse. Cela rend les vaccins historiques et actuels très efficaces.
Profils génétiques de la variole du singe actuelle
Les virus à ADN sont généralement stables et mutent extrêmement lentement par rapport aux virus à ARN. Des chercheurs portugais ont partagé la première ébauche du génome le 19 mai 2022 et publié dès le 23 mai neuf séquences génomiques supplémentaires du virus de la variole du singe qui provoque l'épidémie que connaissent actuellement plusieurs pays. L'ébauche préliminaire actuelle du séquençage génomique indique que l'épidémie actuelle est due à la souche classique d'Afrique de l'Ouest et est étroitement liée à la souche de la variole du singe qui était associée à l'exportation d'animaux depuis le Nigeria vers plusieurs pays en 2018 et 2019. Les chercheurs ont remarqué que l'épidémie actuelle provient probablement d'une origine unique, mais aussi qu'elle a divergé de la séquence 2018/2019 par 50 petits polymorphismes d'acide nucléique (SNP). Ils ont aussi découvert les premiers signes d'une micro-évolution dans ce cluster de l'épidémie, l'émergence de 7 SNP aboutissant à la création de 3 branches décédées qui incluaient un autre sous-cluster de 2 séquences. Ce sous-cluster de deux séquences a été déterminé comme ayant eu une suppression du décalage du cadre de lecture de 913 bp, qui semble corrélée à la transmission d'humain à humain. Cette micro-évolution pourrait permettre à cette séquence génomique de posséder une résolution suffisante pour suivre la diffusion du virus avec cette épidémie, ce qui est souvent impossible avec d'autres virus à ADN bicaténaire.
Vaccinations et traitements possibles de la variole du singe
Même si les vaccins ne sont pas immédiatement disponibles pour le grand public, le gouvernement américain fournit actuellement des vaccins JYNNEOS provenant des réserves nationales stratégiques destinés à quelques personnes contacts à haut risque des premiers patients. Les vaccins actuels et les traitements envisageables sont récapitulés et présentés ci-dessous dans le tableau 2.
Tableau 2. Vaccin et traitements possibles de la variole du singe.
| Nom et numéro de Registre CAS | Remarques |
| Vaccinations | |
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JYNNEOS (Imvamune/ Imvanex) * 1026718-04-6 |
Licencié aux États-Unis pour prévenir la variole du singe et la variole. Au moins 85 % d'efficacité dans la prévention de la variole du singe. |
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ACAM2000* 860435-78-5 |
Peut être utilisé chez les personnes exposées à la variole du singe dans le cadre d'un protocole d'accès étendu à un nouveau médicament à l'étude (IND). A obtenu une licence pour l'immunisation des personnes âgées d'au moins 18 ans et présentant un risque élevé d'infection par la variole. |
| Traitements possibles | |
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Cidofovir 113852-37-2 |
Activité prouvée contre les virus de la variole en fonction d'études in vitro et animales. Effet indésirable de toxicité rénale. |
| Brincidofovir (CMX001) 444805-28-1 |
Activité prouvée contre les virus de la variole en fonction d'études in vitro et animales. Profil de sécurité amélioré par rapport au Cidofovir. |
| Tecovirimat (ST-246) 869572-92-9 |
Des études sur des animaux ont révélé son efficacité dans le traitement de la maladie induite par l'orthopoxvirus. Des essais cliniques humains ont indiqué une innocuité et une tolérance avec seulement des effets secondaires mineurs. Même si les réserves nationales stratégiques contiennent actuellement des réserves de ce vaccin, son utilisation n'est disponible qu'en tant qu'IND. |
| Immunoglobuline antivaccinale (VIG) | La VIG est administrée en tant qu'IND et ne présente pas de bénéfice prouvé dans le traitement des complications de la variole. La VIG peut être envisagée dans un usage prophylactique chez les personnes infectées présentant une immunodéficience grave du fonctionnement des lymphocytes T et chez lesquelles un vaccin antivariolique après une exposition à la variole du singe est contre-indiquée. |
Perspectives
Après que l'Organisation mondiale de la santé a annoncé l'éradication de la variole en 1980, le programme de vaccination antivariolique a été interrompu dans le monde entier. Comme pour tout vaccin, l'immunité s'atténue au fil du temps et les personnes nées après 1980 n'ont pas été vaccinées contre la variole et ne sont donc pas protégées contre le virus de la variole du singe. Des recherches indiquent que 30 ans après la fin des campagnes de vaccination contre la variole en RDC, on a constaté une hausse importante de l'incidence des infections par la variole du singe chez les humains. Ces éléments, ajoutées à des recherches limitées sur la variole du singe, peuvent sembler troublants, mais des recherches massives ont été menées sur d'autres virus de la même famille. La vaccination, les options de traitement, ainsi que la moindre transmissibilité semblent indiquer que la situation est gérable pour l'épidémie actuelle et que son impact à l'échelle mondiale sera réduit. Tous les cas de l'épidémie n'ont pas encore été identifiés, mais compte tenu de la prise de conscience concernant les virus et des mesures de prévention des services de santé publique, le virus de la variole du singe devrait cesser de se propager dans les pays non endémiques.