Alors que le nombre de cas de COVID-19 est reparti à la hausse dans le monde entier, le sous-variant Omicron BA.5 est désormais la souche dominante qui balaie les États-Unis. Le variant BA.5 du COVID continue à muter, augmentant sa propagation et échappant à l'immunité.Une récente étude pré-impression révèle que les réinfections entraînent des risques majeurs pour la santé et que les nouveaux variants pourraient être moins affectés par les anticorps monoclonaux thérapeutiques (mAbs). Ce blog explore les mutations clés qui augmentent la transmission, échappent aux anticorps protecteurs et provoquent davantage de réinfections.
Les mutations augmentent le taux d'infection
La protéine spike est la clé de l'entrée dans le corps humain et c'est elle qui est ciblée et neutralisée par bon nombre des vaccins contre le COVID.Toutefois, les mutations récentes par la protéine spike par rapport aux variants Omicron (BA2.12.1, BA.4 et BA.5) suggèrent des changements critiques qui augmentent la transmission.
Comme le montre la Figure 1, ces trois nouvelles souches partagent des mutations clés qui modifient une partie du domaine de liaison au récepteur (RBD). Cela fait partie de la protéine spike qui se lie aux cellules, favorisant l'infection, et c'est aussi une cible clé pour les anticorps protecteurs.
La mutation F486V trouvée dans les variants BA.4 et BA.5 compromet l'aptitude de la protéine spike à se lier au récepteur viral. Toutefois, la mutation de réversion R493Q restaure la liaison au récepteur et par conséquent, son adaptation.
Les mutations augmentent la résistance au traitement
Alors que certaines mutations favorisent une propagation plus rapide du virus, d'autres permettent aux virus d'être moins affecté par les traitements actuels.Les mutations du L452 peuvent aider le virus à se lier plus étroitement aux cellules, en le masquant aux anticorps qui combattent la maladie et tentent de bloquer le virus. Les chercheurs pensent que cette mutation du L452 est la réponse du virus du COVID-19 aux énormes poussées d'infection par Omicron du début de l'année.Les variants BA.4 et BA.5 contiennent aussi une mutation du domaine de terminaison N (NTD) (Del69-70), ce qui historiquement, modifie également l'affinité de liaison, détruisant un site de liaison des anticorps. Les mutations F486V et R493Q peuvent aussi contribuer à l'évasion immunitaire à la liaison des anticorps, ce qui diminue l'efficacité des mAbs et finalement, augmente la résistance au traitement.
Le Bebtelovimab (numéro de Registre CAS : 2578319-11-4) est le seul mAb cliniquement autorisé pour traiter les infections par les variants BA.2.12.1, BA.4 ou BA.5 qui a conservé sa puissance contre ces nouveaux sous-variants.Le Bebtelovimab est un anticorps monoclonal de type immunoglobuline humaine G-1 (variant).
Une recherche de substance dans CAS SciFindern révèle que ce traitement contient quatre séquences de protéines : deux polypeptides à chaîne lourde identiques composées de 449 acides aminés, et deux polypeptides à chaîne légère identiques composées de 215 acides aminés. Les séquences et modifications sont accessibles dans CAS SciFindern comme l'illustrent les figures 2 et 3.
Un article récent publié dans le New England Journal of Medicine explique comment les sous-variants BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 échappent aux anticorps neutralisants induits par la vaccination et par l'infection. Cet article révèle que les titres d'anticorps neutralisants contre le sous-variant BA.4 ou BA.5 et contre le sous-variant BA.2.12.1 (dans une moindre mesure) étaient plus faibles que les titres contre les sous-variants antérieurs, BA.1 et BA.2.Ces résultats établissent un contexte pour la hausse des cas actuelle provoquée par les sous-variants BA.2.12.1, BA.4 et BA.5 dans les populations fortement vaccinées et ayant été précédemment infectées.
Au-delà des mutations de la protéine spike
Même si les variants BA.4 et BA.5 sont identiques en termes de mutations de la protéine spike, tous deux présentent des mutations extérieures à la protéine spike qui sont différentes. Ces mutations affectent la réplication virale, le taux d'infection et la résistance au traitement. Les sous-variants BA.4 et BA.5 rétablissent deux mutations au niveau du virus d'origine, Orf6 D61 et NSP4 L438. Les chercheurs pensent que ces mutations affectent la réplication. Dans le cas de l'Orf D61, la protéine résidente Orf6 renforce la réplication virale en dérégulant les protéines, les enzymes et différents signaux. La protéine résidente NSP4 du NSP4 L438 participe à la formation d'une vésicule à double-membrane, qui pourrait elle aussi augmenter la réplication virale.
Le BA.4 présente deux mutations, la L11F de l'Orf7B et la P151S de la protéine nucléocapside (N), dont l'impact sur les tests antigéniques de détection de la protéine N n'est pas encore établie. Les mutations Orf7B et de la protéine N pourraient contribuer à une évasion immunitaire. La mutation de la protéine N pourrait aussi affecter la stabilité du virus en améliorant sa condition. Le sous-variant BA.5 contient une mutation D3N dans la protéine membranaire (M) - une situation relativement courante. La protéine M joue un rôle dans la suppression de l'immunité et entoure également le virus, augmentant le risque d'invasion des cellules et la transmissibilité.
Les vaccins s'avèrent efficaces contre l'hospitalisation
Les vaccins actuels contre la COVID-19 offrent une protection minimale contre les infections symptomatiques, comme l'indiquent les données du ministère de la Santé du Minnesota, où les personnes entièrement vaccinées étaient presque aussi susceptibles d'être infectées que les personnes non vaccinées (figure 4) en juin et juillet, lorsque le variant BA.5 était très présent. Toutefois, lorsqu'on examine les taux d'hospitalisation, les différences sont spectaculaires, car les chiffres des hospitalisations sont nettement supérieurs dans la population non vaccinée (figure 5).
Les vaccins actuels offrent une bonne protection contre les formes graves, l'hospitalisation et le décès. L'immunité qu'ils génèrent aide le système immunitaire des patients à combattre le virus, de sorte que ces personnes sont moins susceptibles de développer des symptômes graves et d'être hospitalisées.
Un article publié dans le New England Journal of Medicine explique que les vaccins actuels contre la COVID-19 sont également efficaces contre les variants BA.1 et BA.2. Cette immunité croisée est connue depuis le début de la pandémie. Des preuves suggèrent que les vaccins contre la grippe, la rougeole, la pneumonie et la polio peuvent également apporter un certain degré de protection contre l'infection au SARS-CoV-2. Selon la Mayo Clinic, chez les personnes vaccinées contre la pneumonie au cours de l'année passée, le risque d'infection par la COVID-19 était diminué de 28 %, tandis que chez les personnes vaccinées contre la polio, ce risque était réduit de 43 %.
Étapes suivantes : comment procéder à ce stade ?
La pandémie de COVID-19 ne ralentit pas, car le virus continue à muter et à évoluer dans le monde entier. Comme indiqué ci-dessus, les vaccins actuels sont toujours extrêmement efficaces contre les formes graves de la maladie, l'hospitalisation et le décès. Toutefois, en raison d'une lassitude du COVID, beaucoup de personnes n'ont pas reçus leurs rappels de vaccination. Toute personne éligible à recevoir un rappel de vaccin, mais qui ne l'a pas encore reçu, devrait recevoir un rappel vaccinal dès que possible. Des efforts renouvelés de port d'un masque de haute qualité dans les espaces publics confinés contribueront également à réduire le nombre d'infections symptomatiques.
Pfizer et Moderna ont développé des vaccins basés sur le nouveau variant BA.1 qui devraient être disponibles aux États-Unis à l'automne 2022.La protection limitée qu'offre une infection antérieure au BA.1 contre les nouveaux variants soulève cependant des questions quant à l'utilité de ce type de vaccin de deuxième génération. À l'avenir, de nouvelles technologies de vaccins, combinées à des thérapies antivirales ciblant un éventail d'antigènes plus large seront nécessaires pour interrompre la propagation du virus.